Jelikož obecné nařízení stanovuje práva a povinnosti při zpracování osobních údajů, v tomto rozsahu zákon č. 101/2000 Sb., o ochraně osobních údajů nahrazuje. Práva a povinnosti v současném zákoně o ochraně osobních údajů budou nahrazeny právy a povinnostmi přímo vyplývajícími z obecného nařízení. Zákon o ochraně osobních údajů bude účinností adaptačního zákona zrušen.

Vyvstane pouze nutnost přijmout tzv. adaptační zákon, který bude přijat v souvislosti s přímou použitelností obecného nařízení. Tento zákon bude upravovat např. aspekty týkající se Úřadu pro ochranu osobních údajů (např. jeho opětovné zákonné ustavení, organizaci atd.) a některé dílčí záležitosti nutné k dotvoření celého rámce ochrany osobních údajů, které nejsou obecným nařízením upraveny nebo které obecné nařízení umožňuje upravit na vnitrostátní úrovni. U některých aspektů obecné nařízení výslovně předpokládá vnitrostátní úpravu. Mezi ně patří například aspekty zpracování osobních údajů pro účely výkonu svobody projevu, práva na informace, svobody vědeckého bádání a umělecké tvorby.